У серпні 2016 року в Харкові створено ТОВ "Авангард Харків". Команда "Металіст 1925" сформована товариством на базі футболістів молодіжної академії харківського "Металіста". До тренерського штабу увійшли останній тренер "Металіста" Олександр Призетко та колишні гравці клубу Олександр Горяїнов і Сергій Ралюченко, а генеральним директором клубу став Володимир Лінке, інформує прес-служба ФК "Калуш"
Юридично "Металіст 1925" не є правонаступником "Металіста", який розвалився після того, як його останній власник Сергій Курченко перестав фінансувати клуб та відмовився продати його іншим потенційним інвесторам. Але футболістами та вболівальниками "Металіст 1925" сприймається як "продовження старого "Металіста".
У сезоні 2016/2017 харківський клуб стартував у чемпіонаті України серед аматорів. Свій перший матч в історії "Металіст 1925" зіграв 21-го серпня 2016-го року проти "Інгульця-3" і переміг - 2:1. А першу домашню гру "жовто-сині" провели 28-го серпня проти МФК "Житомир" (нічия 0:0). Той поєдинок зібрав рекордну кількість вболівальників для чемпіонату ААФУ - 6 652 глядача. Свій же власний рекорд команда оновила навесні, коли за харківським дербі проти "Соллі Плюс" спостерігав 9 831 вболівальник. Успішно пройшов турнірну дистанцію підопічні Олександра Призетка стали переможцями своєї групи чемпіонату ААФУ та пробились до фіналу турніру. У фінальному матчі, що відбувся 19 червня на столичному НСК "Олімпійський", "Металіст 1925" поступився волочиському "Агробізнесу" з рахунком 0:4 і став срібним призером чемпіонату.
21 червня 2017 року "Металіст 1925" прийнятий до складу ПФЛ і отримав статус професіонального футбольного клубу.
Команда дебютувала у Другій лізі чемпіонату України з двох поразок, але після цього видала серію з дев'яти перемог поспіль і очолила турнірну таблицю своєї групи. Одним із лідерів команди став колишній півзахисник збірної України Едмар. 17 вересня матч між "Металістом 1925" та СК "Дніпро-1" у Харкові зібрав 14 521 глядача і став найбільш відвідуваним поєдинком в історії Другої ліги. У весняній частині сезону команда не збавляла обертів і 26 травня, здобувши перемогу 4:0 над дублерами МФК "Миколаїв", достроково забезпечила собі друге місце у групі, бронзові медалі Другої ліги та вийшла до Першої ліги чемпіонату України.
У вересні 2018 року стало відомо, що "Металіст 1925" є одним з клубів, що подали заявку на отримання атестату для участі у Прем'єр-лізі наступного сезону.