Церква була збудована в 1834 році. 12 квітня 2023 року релігійна громада УПЦ МП добровільно передала ключі від Церкви Олександра Невського Державному історико-архітектурному заповіднику «Хотинська фортеця» та підписала акт приймання-передачі (повернення) майна, інформують "Вікна" з посиланням на пресслужбу Міністерства культури та інформаційної політики.
Церква св. Олександра Невського 1833-1834 років знаходиться на території заповідника та є складовою Комплексу споруд Хотинської фортеці.
До 31 грудня 2021 року церква була у користуванні релігійної громади парафії на честь святого князя Александра Невського Чернівецько-Буковинської єпархії Української Православної Церкви згідно з договором про безоплатне користування релігійною організацією культовими спорудами та іншим майном, що є державною власністю від 28 березня 2012 року. Договір з УПЦ діяв до 31 грудня 2021 року та не був продовжений. Понад рік церква була зачинена.
